ตำบลคลองน้อย เดิมพื้นที่แห่งนี้มีแม่น้ไหลผ่านเป็นระยะทางยาวมาก และมีการแตกสาขาเป็นคลองเล็ก ๆ หลายสาย ชาวบ้านจึงเรียกว่า "คลองน้อย" ต่อมาเมื่อมีการตัดตั้งตำบลขึ้นมา จึงใช้ชื่อว่า "ตำบลคลองน้อย" มาจนถึงปัจจุบัน มีจำนวนหมู่บ้านทั้งสิ้น 19 หมู่บ้าน ได้แก่
 

 

หมู่ที่	ชื่อหมู่บ้าน
1	บ้านคลองน้อย
2	บ้านบางไทร
3	บ้านนอกดอน
4	บ้านเปี๊ยะกลาง
5	บ้านเปี๊ยะ
6	บ้านเปี๊ยะเนินท่าออก
7	บ้านเปี๊ยะหัวเนิน
8	บ้านบางปอ
9	บ้านบางมะขาม
10	บ้านบางเนียน
11	บ้านบางจาก
12	บ้านบางลึก
13	บ้านแสงวิมาน
14	บ้านเกาะนางโดย
15	บ้านบางดุก
16	บ้านเขาน้อย
17	บ้านนาใหม่
18	บ้านนอกดอน
19	บ้านราษฎร์สงวน